50-es, 60-as évek Szovjetuniójában sokkminden megtörtént, és megtörténhetett volna, erre alapoz a You are Empty is. A történet elég szokványos: az oroszok meg akarták alkotni a tökéletes kommunista embert. A kísérletek - ahogy azt már megszokhattuk - balul sültek el, és egy adag mutánst hoztak létre. Szerencsétlenségünkre mi is abban a bizonyos városban tartózkodunk, ahol mindez történt. Lények egész garmadáját kell telepumpálnunk ólommal, hogy valamiképp túléljük mindezt.