Hmm ha hideolnád azokat a facekat ahol deformál és csak a problémás felületen futtatnád? Mert face olvadásra nem láttam még példát mindig csak vertexekkel törődnek.
Curvekra tuti van elegánsabb megoldás, valami addon vagy más, de nekem ami eszembe jutott hogy alakítsd meshé amikor befejezted és tedd rá a megszokott booleant, majd esetleg ha kell utána vissza konvertálni bár a fene tudja hogy fog működni.