Sam épp küldetésen van, amikor huga autóbalesetben meghal.
Fõhösünket olyan trauma éri, hogy idegileg összeomlik. Mivel munkájára nem tud koncentrálni, Lambert kényszerszabadságra küldi.
Hónapok múlva még mindig nem tudja kiheverni a fájdalmat huga elvesztése kapcsán, ezért munkát kér Lamberttõl.
A fönök nem tud mást tenni, Sambõl egy NOC agent-et csinál (Not Official Cover), Õk azok, akik beépülnek a rossz-fiúk közé. Ha lebuknak, semmiféle támogatást nem kaphatnak, saját magukat kell kihozni a csávából.
Sam Fisher feladata felderíteni, beépülni, majd kézre keríteni a JBA (Jim Brown's Army) nevü hihetetlenül elszánt terroristacsoportot, és annak fejét.
A közéjük való bejutás nagyon nehéz, egyedül egy tag ajánlásával lehet bekerülni. Ahhoz el kell nyernie az illetõ bizalmát. Ekkor kapóra jön egy bizonyos Jamie Washington nevü fiatalember, aki tagja a JBA-nak, csak egy gond van vele: börtönben csücsül Kansasban.
Samnak és LAmbertnek ki kell találni a bejutást, majd Jamie megszöktetésével elnyerni a bizalmat... és ez csak a kezdet.
Ekkor és ezért kezd el Sam bankot rabolni, embert õlni (a gyilkosságot megjátszák, de úgy, hogy a helyi rendõrség sem tud róla), majd egy rajta ütés alkalmával Sam-et letartóztatják...
A börtönbõl való kijutás során le kell mondani a high-tech kütyükrõl, ezúttal Sam-nek érzékeire kell hagyatkozni, és nem utolsósorban társára, Jamie-re, akivel (by SC Chaos Theory MP COOP Mode) kéz-a kézben kell kijutni a napfényre.
Jamie-t nem lehet majd irányítani, õt a továbbfejlesztett "emberi" AI viszi elõre.
Egyenlõre ennyi, de fontos még említeni a legújabb mozgási technológiát: ez a "Directed Moments", ami teljesen élethü mozgást ad a karaktereknek.