The Final Experimentet, 1995-ben adták ki, a története egy, a hatodik századi Angliában élõ bárdról, Ayreonról szól. Ayreonnak, aki születése óta vak, különleges, hatodik érzéke van, amivel képes felfogni azokat az üzeneteket, amelyeket tudósok indítottak 2084-bõl, amikor az emberiség már a kipusztulás határán van egy óriási háború miatt.
Into the Electric Castle, 1998-ban. A kétlemezes album nyolc emberrõl szól, akik az emberiség történetének különbözõ korszakaiból kerültek egy furcsa helyre, ahol nincs tér és nincs idõ. Egy titokzatos hang vezeti õket keresztül az "Electric Castle" termein.
A Universal Migrator ikeralbum (2000) egy sci-fi történet az utolsó élõ emberrõl, aki egy marsi kolónián él. Az történet elsõ felében (Universal Migrator Part 1: The Dream Sequencer), visszautazik az elõzõ életei emlékei révén az idõben, egy szerkezet segítségével, melynek neve Dream Sequencer. Az album lágy, atmoszferikus progresszív rock zene jellemzi. A második részben (Universal Migrator Part 2: Flight of the Migrator) még visszább utazik, egészen az Õsrobbanásig.
Érdekesség hogy az Iron Maiden énekese, Bruce Dickinson is feltûnik az anyagon.
A 2004-ben megjelent Ayreon album, amely a The Human Equation címet viseli, nem a szokásos sci-fi és fantasy mese, hanem egy emberrõl szól, aki egy furcsa autóbaleset után kómában fekszik a kórházban. A saját elméjébe zárva tölt el húsz napot, mialatt megelevenedett érzelmeivel találkozik, akik segítenek feltárni eddigi élete hibáit, és segítenek neki megváltozni. Az album végén azonban kiderül, hogy ez a történet is része az eddigieknek: mikor az ember felébredne a kómából, kiderül, hogy "õ" csak egy szimulációs program a Dream Sequencer gépen belül. Felébredésével a program futása megszakad, és a gép kikapcsol.
A legújabb Ayreon album címe 01011001 (2008-ban jelent meg). Ez az album az "Örökkévalóknak" ("Forever") nevezett lények történetét mondja el (velük találkozhattunk a Flight of the Migrator és az Into the Electric Castle albumokon is). Az album szintén két lemezes, az elsõ CD az "Y" bolygó (az Örökkévalók otthona) történetét, míg a második CD a Föld történetét mondja el (bár az elsõ CDn vannak a Földrõl származó történetek is). A 01011001 egyébként az Y ASCII kódjának bináris alakja.