Szerintem azért nyúlnak meg az elsőnél mert a magasságuk egymáshoz viszonyítva (százalékosan) vannak megadva, mikor 500 pixelre váltásnál a legfelső sor magasabbá válik muszáj hogy magasabb legyen a többi sor is hogy az arányok megmaradjanak.
Tán nem a legelegánsabb megoldás de az 500 alatti css szabályoknál újra lehetne definiálni a boxok magasságát