Nem magyar oldalon ráakadtam a sztori leírásra és lefordítottam:
Kilenc hónappal a két elõzõ játék eseményei után, Point Man-t elfogták az Armacham Biztonsági szolgálatának katonái és kihallgatták egy félreesõ épületben. Paxton Fettel véget vet a tortúrának, és segít Point Man-nek kiszabadulni. Egyfajta status quo (kényszerû szövetség) jön létre kettejük közt és elindulnak a börtönbõl, a nyomornegyedeken keresztül, hogy visszatérjenek Fairportba.
Az Armacham valószínûleg Point Man-t tartja felelõsnek a fairporti katasztrófáért akinek az elsõ rész végén bekövetkezett robbanásban nyoma veszett. Ezért miután rátaláltak elfogták és megpróbálták kivallatni.
Miután Point Man Fettel segítségével átverekszi magát a nyomornegyeden, nagy harcok árán sikerül birtokba vennie egy helikoptert, amivel hazatér, hogy csatlakozhasson Jin Sun-Kwon-hoz a F.E.A.R. alakulat operatív tisztjéhez.
Mialatt Fairportba tartottak, a civil lakosság, amely túlélte a paranormális tevékenység hatására bekövetkezett robbanást, vagy megõrült Alma elméjükre gyakorolt pszichés erejétõl, vagy kivégezték az Armacham egységei. Miután leküzdik az elõttük álló akadályokat, Point Man és Fettel sikeresen eljutnak Jin-hez.
Jin ekkor lejátszik nekik egy Michael Becket-el kapcsolatos videofelvételt, ami megerõsíti hogy Becket nemi erõszak áldozata lett a Nyugalom Szigeti létesítményben, ahol fogva tartották Alma testét.
Point Man és Fettel a helyi repülõtérre siet hogy elérje Becket-et, több információ megszerzése végett hogy mi is történt pontosan Fairportban a távollétükben.
Mikor rátalálnak, Fettel megszállja Becket-et, hogy az emlékeihez hozzáférve feltárja a múltjában történt dolgokat Point Man-nek. Becket ezalatt rájön arra hogy kicsoda Point Man és Fettel. Közben felszínre kerül Becket emlékei közül a végzetes robbanás is, ami letarolta Fairport-ot.
Ezután egy régi épületbe mennek ahol Harlan Wade évekkel ezelõtt elkezdett kísérletezni a pszichikai parancsnokok létrehozásával és igyekezett Fettel és Pointman minden gyerekkori emlékét kitörölni. Fettel-nek és Point Man-nek sietnie kell, mert Alma épp szülni készül és közben erõteljes pszichés energiahullámokat bocsát ki magából, amely azzal fenyeget, hogy darabjaira szakítja a világot. Ennek elkerülése érdekében Point Man és Fettel, nyakukba veszik az omladozó várost, hogy megkeressék és hidegre tegyék Almát. Fettel tudja hogy Alma is félt valakitõl: az apjától Harlan Wade-tõl akinek ki volt szolgáltatva gyerekkorában.
Alma félelmeit és kétségeit egy új lény, a Borzalom (The Creep) testesíti meg az új részben amely nem más, mint apjának Harlan Wade-nek a kivetülése. A Borzalom erejét Alma félelme táplálja ezért olyan erõs. Harlan kihasználta Alma gyerekkori félelmeit hogy kordában tartsa õt, ezért Alma az emberekben mindig a negatív oldalt látta és így Harlan akarva-akaratlan szörnyeteget csinált belõle.
Alma pszichés erejébe oltott félelme szintén egy szörnyeteget hozott létre ami mindent megtestesít amitõl valaha is félt, Harlan-t.
Fettel és Point Man azon ügyeskedik hogy a két erõt a legsikeresebben kihasználhassa egymás ellen.
Ennyit tudtam kihámozni a leírásból, lehet nem 100%-ig pontos, de némi támpontot ad.