SPOILER! Kattints ide a szöveg elolvasásához!
Tekintettel arra, hogy sokaknak nem megy az angol, és az Assasin's Creed nem feliratoz összefoglalom a sztorit (már amennyi átjött belõle). Full spoiler, aki fél az ilyesmitõl ne olvasson.
A játék a jövõben (egészen pontosan 2012-ben) kezdõdik, Desmond-ot irányítod, akit egy társaság tart magánál akarata ellenére. A cég felfedezte, hogy elõdeink emlékeit a DNS-ünkbe ágyazva mi is továbbvisszük, egyfajta genetikai emlékezetként. Egy Animus nevû géppel ezen emlékek újraélhetõkké válnak, és ezen gép használatára kényszerítik fõszereplõnket. Egy konkrét emléket keresnek (azt nem hajlandóak közölni miért), amelyet Desmond egyik õse, Altair élt át, aki a középkorban a Creed rend bérgyilkosa volt. Viszont Desmond agya valamiért blokkolja ezt az emléket, így egy korábbi idõpontról kell indulni, kvázi "újraélni" az emlékhez vezetõ pár napot, így kezdõdik Altair története.
Altair sztorija elég szerencsétlenül indul: egy rosszul sikerült misszió után megfosztja a rend a rangjától és felszerelésétõl, majdnem meg is ölik. A küldetés a templomoslovagok egy becses tárgyának megszerzésére irányult, mely végül is fõszereplõnk "kollégájának" jóvoltából sikerrel járt. Hogy visszaszerezze becsületét, Altair-nak 9 nagyhatalmú templomos vezetõt kell eliminálnia, szép lassan visszanyerve felszerelését és képességeit.
A gyilkolás-sorozat meg is kezdõdik, azonban az áldozatok a haláluk elõtti vallomásokban meglepõ dolgokat mondanak. A rend tájékoztatása szerint, ezek mind gonosz emberek (ezért is kell õket eliminálni), a népet sanyargatják, ám haláluk elõtt mindannyian meg vannak arról gyõzõdve, hogy cselekedeteikkel valamilyen módon a jót kívánták szolgálni. Ez elég sok kérdést vet fel Altair-ban, a rend vezetõjét rendszeresen kérdõre vonja, aki (biztosítva hõsünket arról, hogy a rend feladata továbbra is a béke és a harmónia fenntartása) minden alkalommal lecsillapítja õt.
Mindeközben 2012-ben Desmondnak rendszeres szüneteket kell tartania a gép használatában, így marad egy kis ideje pihenni, illetve a kísérlet vezetõjének asszisztensével Lucy-val beszélgetni. Kiderül, hogy bár öként jelentkezett a programba, Lucy is ugyanolyan fogoly mint Desmond, és várja, hogy mikor szabadulhat el a cégtõl. Továbbá Lucy, egy kolléganõje sajnálatos haláláról érdeklõdik a vezetõségtõl, de mindig elutasító választ kap, és semmit sem sikerül kiderítenie (email levelezésben olvasható ez a szál). Mindeközben Desmond-ot fura álmok is gyötrik az Animus használatának szüneteiben.
Közeledve a cél-emlékhez Altairnak már csak 1 célszemély marad: egy templomos vezetõ. Folyamatos kérdései miatt a rend vezetõje kénytelen fényt deríteni a legelsõ (Altair számára szégyent hozó) küldetés céljára: egy nagyhatalmú szent relikviát szereztek meg a templomosoktól (kis gömb, világít nagyon), melyet a templomosok vissza akarnak szerezni. A 9 célszemély az a 9 ember volt aki tud a relikvia létezésérõl, ezért kell õket eliminálni.
A templomosok, hogy megszerezzék a relikviát, közben csellel maguk mellé állították a helyi uralkodót és közös támadást akartak az Assasin-ok városa ellen indítani. Altair rájött a veszélyre, és az utolsó pillanapban rámutatott az uralkodó elõtt a templomosok hazugságaira. Az uralkodó úgy dönt Isten kezébe adja a döntést, így hõsünk és a temlomos vezetõ párbajjal döntik el ki hazudik. Altair gyõz, ám halála elõtti vallomásában érdekes dolgokról rántja le a leplet. Eredetileg 10 templomosnak volt köze a relikviához, és az utolsó bérgyilkos rend vezetõje, aki végig kihasználta Altair-t, hogy a konkurenciát eliminálja.
Végre elértünk a keresett emlékhez, Altair leszámolása volt mentorával, ahol végül bérgyilkosunknak sikerül felülkerekednie a relikvia által emberfeletti képességekre szert tett mesterén.
Az emlék ekkor véget ér, és Desmond arra ébred, hogy az Assasinok leszármazottai a létesítményt ostromolják, õt akarják kiszabadítani. Mint kiderül a cég a templomosokból áll, és a céljuk a szent tárgyak begyûjtése, amely egyikérõl szóltak Altair emlékei. A támadás végül sikertelenül végzõdik, és ezzel a rendnek vége is, a templomosok az elmúlt egy évben módszeresen kiirtották a rend ma élõ tagjait, a rohamozó csapat volt az utolsó.
A kísérletet vezetõ professzor beszámol a feletteseinek az eredményrõl, ha Lucy nem lépne közbe Desmondot (mivel hogy már nincs rá szükség) még ott kivégezték volna. Végül is megmarad, de egy furcsa változást vesz magán észre, képes Altair "látó" képességét használni. Mikor így körbenéz, látja, hogy a szobája falát valaki teleírta szövegel, számokkal, szimbólumokkal, melyek láthatóan vérrel vannak írva.
The end, jön a stáblista, ám még nem érdemes sehova sem menni, mert a létesítmény pár szobáját még be lehet Desmonddal barangolni. Amennyiben sikerült az Animus használata közbeni szünetekben megszerezni a szükséges kódokat pár email lesz a jutalmunk, amelyek érdekes dolgokat fednek fel:
-A cég egy rosszul sikerült kísérletében évekkel ezelõtt sokan meghaltak, ezt eltussolták, most viszont egy ismeretlen azzal fenyeget névtelenül, hogy nyilvánosságra hozza az ügyet.
-Lucy ezzel az ismeretlennel dolgozik együtt, és kémkedik a cég után titokban.
-Az "incidenssel" egy idõben tragikus módon Afrika lakosságának 95%-a kihalt. A nagyhatalmak most Afrika felosztását végzik.
-A falon és a padlón lévõ jeleket a Desmond elõtti subject írta, miután emlékei összekeveredtek saját õsével (ezt hívják Bleeding Effect-nek).
-Ez csak egy projekt a sok közül, elég sok különbözõ relikviára rá van kattanva a cég.
-Mindez valahogy összefügg egy új, modern, telekommunikációs mûhold fellövésével.
Kb ennyi. Elég sok kérdés maradt nyitva (szinte mindegyik), várjuk a folytatást szeretettel.