Én a 2.62-es verziót próbáltam. Eszközök/Beálítások/Haladó/Tartalom JavaScript beállításokra klikkelsz, megadod a felhasználói javascript fájlok helyét, a zip fájlt kicsomagolod oda, de úgy, hogy minden fájl a fõkönyvtárba kerüljön, ne tartsa meg az externals és a skins alkönyvtárat és csak 1 db multipopup_skin.js fájl legyen a könyvtárban. Akár ki is kapcsolhatod az eszköztippeket, ha zavaróak, mert a Ctrl-t lenyomva megjelenik a link címe is, nem csak az ALT tag.
Ha nem szeretnéd, hogy minden oldalon ezek a felugró ablakok jelenjenek meg, hanem csak 1-2 oldalon, akkor ott ahol szeretnéd jobbklikk: Oldal beállításainak szerkesztése/Szkriptek és megadod a felhasználói javascript fájlok helyét.