Elég sok minden függ attól is, hogy milyen nyelvet használsz.
Pl npm alapvetően csak Javascript (nodejs inkább) világban van, Pythonban ott a pip, Haskellben a cabal, de szerintem minden nyelvnek van valami központosított csomagkezelője. Illetve pl nginx is ritkán jön elő, ha esetleg .NET világban mozogsz (max load balancernek), mert ott van nekik az IIS.
Igazából János mindent leírt ami fontos, projekt menedzsmenthez hozzá lehetne esetleg adni a tracot, az elég elterjedt. Illetve még hozzá lehet rakni az asszinkron feladat sorokat (jajj, ez fura magyarul), bár ez nem feltétlen webdev már (mi celery + rabbitmq-t használunk, de 0mq-t is dicsérik, illetve kb minden nyelvben van valami implementáció)
IDE-ket próbálgasd mi szimpatikus, illetve, ha mégis .NET-ről lenne szó akkor ott a web essentialst nagyon dicsérik, hogy elengedhetetlen.