Szerintem az lehet a gond, hogy a játék kezdetén a gép elmenti az effajta beállításokat, és utána már azt irogatsz át, amit akarsz, a gép akkor is a korábban elmentett beállításokkal fog dolgozni.
Ahhoz, hogy a Man'O'War-ok bentlegyenek, vagy indítanod kell egy új játékot (ezt csak azért ajánlom, hogy kipróbáld, jól állítottad-e be a dolgokat és valóban ott vannak-e - nem kell végigjátszanod ezt az új játékot csak hajózgass egy kicsit és néhány flottával csapj össze, van-e bennük Man'O'War - ha úgy kb a 15. flottában sincs akkor valamit rosszul állítottál be)
Ahhoz, hogy az eddig játszott játékkal is mûködjön le kell szedned a Reinitialize mod-ot a játékhoz, ami újratölti a már futó játékba a jelenlegi beállításokat. Ahhoz pedig, hogy modot installálj kell a mod installer.
http://www.piratehideout.com/
Ezen az oldalon, a Patches részben vannak a modok, töltsd le az Allmods v.1.4 -et. Ebben minden mod bennevan. Nagyon sok jó mod van közte, de most csak a mod installer kell meg az NK Reinitialize mod - ez utóbbi telepítsd fel a mod installerrel és a játék közben nyomd meg az 'I' billentyût és kész.