Az elsõ Metal Gear-t még a Hidegháború idején alkották, többek között errõl is fog szólni a MGS3.
Gray Fox nem éled fel, mivel nem halt meg, mindössze halottnak hitték. Azért haragszik Snake-re, mert az szerinte elárulta õt és a szervezetet azzal, hogy nem állt be a lázadásba.
A Shadow Moses-i incidens tíz évvel Outer Heaven után van - a párhuzam mindössze annyi, hogy Liquid meg szeretné valósítani Big Boss álmát, ezzel túlszárnyalva õt, mint a huszadik század legnagyobb harcosát.
Ocelot a Patriótáknak dolgozik, akik Shadow Moses után felbérelték, hogy keresztbe tegyen Solidus terveinek.
Ocelot-ot viszont Liquid manipulálja - õ a Patrióták életére tör, akárcsak Solidus.