"ha egy "doboznak" adok padding értéket, akkor azt befelé adja neki vagy kifelé?"
A hivatalos W3C ajánlás szerint egy blokk szélességén/magasságán belül veszi a kitöltést (padding), vagyis ha definiálsz egy 200 pixel széles és 200 pixel magas blokkon belül 20 pixel széles kitöltést, akkor a blokk 200 pixel széles és 200 pixel magas marad, de a tartalom csak 160 pixel szélességet, és 160 pixel magasságot fog elfoglalni.
Az Internet Explorer hibás értelmezése szerint, ha definiálsz egy 200 pixel széles és 200 pixel magas blokkon belül 20 pixel széles kitöltést (és feltételezzük nem adsz meg szegélyt), akkor a blokk 240 pixel széles magas és 240 pixel magas lesz, a tartalom kitölti a 200 pixel szélességet és a 200 pixel magasságot.
"igazából a problémám a paddingnál az, hogy 3 doboz van egymás mellett és nem tudom egyformára magasra állítani õket."
Ha azt akarod, hogy az egymás mellé lebegtetett blokkoknak ugyanolyan háttere legyen, az azokat tartalmazó blokknak készíts olyan grafikus hátteret, ami mindhárom blokk hátterét tartalmazza - na azt a hátteret kell ismételned.