Közvetetten már a Half-Life első részében is jelen volt a Combine. A HL1 főellensége, a Nihilanth egy, a Combine által leigázott idegen fajok egyikének utolsó túlélője, aki utolsó esélyként a Xen-re menekült több, különféle Combine által szintén üldözött fajjal egyetemben (Vortigauntok pl.). Egy ideig békességben éldegéltek a Xen-en mígnem jött Gordon, meg a 'Black Mesa incidens' és megzavarta az idillt. Miután elpusztítottuk a nagyfejű Nihilanthot - aki önmaga is képes volt portálokat nyitni -, létrejött egy ún. 'portal storm' amit a Combine ki is használt, átpattantak a mi világunkba és hét óra alatt megadásra kényszerítették a Földet. Ezen események után körülbelül 20 évvel veszi fel a fonalat a HL2.