Viszont G-Man mindkét játékban aktívan jelen van, ő rakja az első rész végén sztázisba Freemant és ő az aki felébreszti a második elején. A folytonossági bökkenőre hivatkozni így nincs értelme, még ha erőltetett is ez a magyarázat.
A HL2 "beta" 2003-ban szivárgott ki, már jóval ezelőtt történt az, hogy az eredeti koncepciót, sztorit szinte teljesen újragondolták Gabenék. A kiszivárgott forráskód azonban tartalmazta a korai verzió egyes helyszíneit, modelljeit amiket aztán valóban lecseréltek, vagy kukáztak a végleges változatban. A tervezett keleti-parti amerikai, Washington DC-ről mintázott városkát is inkább egy kelet-európaira modellezték át.
Ez annyiban befolyásolta a történetet, hogy nem kaptunk egy teljes, befejezett sztorit, hanem még mindig a harmadik részt várjuk.