A 3. rész a hidegháború alatt játszódik. Él egy legendás katona, akit The Bossnak hívnak. Nõ. Terhes lesz egyik társától, The Sorrowtól, aztán azt a parancsot kapja, hogy végezzen vele. The Boss megteszi, mivel neki elsõ a parancs (Sorrow ezért szellem). Aztán megszüli a gyermeket, akit elvesznek tõle. Õ lesz késõbb Ocelot.
Boss betanít egy katonát, aki közelebb kerül hozzá, mint eddigi tanítványai. Õ Jack. A Snake Eater akcióban a Snake fedõnevet kapja. Leleplezi Volgint, elpusztítja a Shagohodot, és mivel The Boss hazájában árulónak lett kikiáltva, megküzd egykori mesterével, bár tisztában van vele, hogy Boss a hazája érdekét tartotta szem elõtt, és egy percre sem árulta el.
Mikor gyõztesen hazatér, az elnök kinevezi Big Bossnak. Késõbb a Les enfant terrible project alatt belõle klónoznak katonákat. Pl. Solid Snake, Liquid Snake. Ugye velük találkozhatunk az 1. részben. De ezelõtt még Big Boss elvonul egy Outer Heaven nevû helyre, ugyanis megelégeli a kormány piszkos ügyeit (no meg valószínûleg mély benyomást tett rá The Boss halála). Ennyi.
Raikov meg mint mondtam csupán Raiden paródiája. Hogy miért, csak sejtésem van: elég negatív kritikát kapott,hogy mindenki Snake-t várta a 2. részben, aztán jött helyette egy kis buzi. Talán ennek a paródiája volt Raikov.
Bár ki tudja? Visszamenõleg minden szálat elvarrtak Kojimáék, de a Sons of Libety (MGS2)után még bármi lehet. Az is kiderülhet, hogy Raiden nem más, mint Eva és The Boss leszbikus kapcsolatában örökbe fogadott gyermek és Raikov unokájának a kölyke? Ki tudja. Engem teljesen más dolog izgat.
Sniper Wolf a MGS1-ben azt mondja, egyetlen férfi volt az életében, akit szeretett: Big Boss. Talán véletlen a hasonlóság, de nagyon hasonlít Eva-ra. Hmmm...mint egy idõsebb Eva. De mégis túl fiatal.