A stegosaurus nagyon buta állatként terjedt ki a közhiedelembe a múlt század 60-as 70-es éveiben. Az agya testméretéhez viszonyítva a nagyon kicsi (azért nem a legkisebb, mert a sauropodáké kisebb), ami persze nem vonja feltétlenül azt magával, hogy buta volt. Minden bizonnyal egyszerû gondolkodása volt, erre mondhatnánk, hogy a cél szentesíti az eszközt. Mindenesetre a stegosaurus rendelkezett egy "második aggyal" is. Ez a mellsõ lábai fölött helyezkedett el a gerincoszlopban. Ez az agy, azonban nem valódi agy, hanem a gerincvelõ megvastagodott darabkája, és minden bizonnyal kizárólag mozgáskoordiációs feladatokat irányított. Ez arra enged következtetni, hogy az állat valódi agya ezzel kismértékben foglalkozott. Ugye, hogy nem is olyan buta!
A hátán lévõ hatalmas asztallapnyi lemezek, azonkívül, hogy védhették egy Allosaurus támadása esetén, hasonló célt szolgálhattak, mint a spinosaurus bõrlebenyei. A napsütés segítségével felmelegíthették az állat testét. A farka végén ezek a lemezek tüskékké redukálódtak, ezzel tudta igazán megvédeni magát. A lemezek elhelyezkedését nagy vita kísérte korábban. Volt aki úgy gondolta, hogy vízzintesen álltak, volt aki bõrlebenyeket képzelt közéjük, de egy lelet végérvényesen bebizonyította a valódi pozíciójukat.
A stegosaurus mellsõ végtagja jóval kisebbek voltak a hátsónál, ennek ellenére néby lábon közlekedett, ám nem lehetett túl gyors.