Igen, a Metroid Fusion az eddigi legmesszebre menõ Metroid epizód. Jelenleg a Fusion végénél tart a történeti szál, a sztoriban ez a rész játszódik a legkésõbb (ezt bizonyítja a Samus biomechanikus páncéljának fertõzés közben részleges elvesztése és az új típusú Gunship-je is).
Történetileg a Metroid Prime Hunters valamikor a Metroid Prime 1 és Metroid Prime 2 között játszódik, míg a Fusion a Metroid Prime 2 (és most már tudjuk, hogy a 3 után is, mivel az új Gunship csak a mostani Wii exkluzív harmadik Prime részben mutatkozik be majd) után. A Nintendo úgy látszik, utólag tömködi be a játékaival a korábbi részek között tátongó cselekményvonal üres szegleteit :)