SPOILER ALERT! alábbiakban röviden a sztori, csak azok olvassák, akik már végignyomták és nem igazán értették, vagy tudják hogy nem fognak belõle értni sokat:
*****************
Szóval a játék 2012-ben játszódik, Desmond, a fõszereplõ egy nagy cégnél "fogoly", és egy gép segítségével a génjeiben hordozott, az õsei által otthagyott emlékeket tudja átélni. Altair 1191-ben élt, és az õ kalandjaira "emlékszik" vissza Desmond.
A sztori elején Altair-t lefokozzák az engedetlensége miatt, és lassan vissza kell nyernie a öreg fõnök bizalmát (gyakorlatilag ez a játék maga). Miközben a küldetéseit vérehajtja, egyre bizonytalanabb abban, hogy a jó ügyért küzd. Menet közben kiderül hogy egy nagyon nagy erõvel bíró tárgy, egy kis gömb körül forog a dolog, amivel az emberek tudatát lehet totálisan befolyásolni (pl. Bibliai csodatételek). Az öreg fõnök, akinél ez a gömb van, azt mondja, hogy azért kell megölni a 9 fõ ellenfelet a játék során, hogy azt nehogy rosszra használják (õk a Templomosok illetve fõbb tagjai).
De az utolsó ellenfél halálakor elmondja, hogy volt egy tízedik ember is ott, amikor megtalálták ezt a gömböt, aki nem más mint az öreg fõnököd. Ezért õ az utolsó fõellenfél, mert õ akarta felhasználni a gömböt arra, hogy "békét" teremtsen azáltal, hogy mindenkit megfoszt saját akaratától.
Namost 2012-ben sem más a helyzet. Mint kiderül a cég ahol Desmond fogságban van a Templomosok tulajdona, és csak azért kutatnak Desmond emlékeiben, hogy a gömböt megtalálják. A vége felé kiderül, hogy a segéd lány is a bérgyilkos klán tagja és segíteni próbál Desmondnak, de csak egy kis haladékot tud elérni, hogy Desmondot ne öljék meg azonnal (ez a game over, ott mászkálhatsz egyedül, újrajátszahtod a már kész pályákat, olvasgathatod az emaileket).
Desmond, mint a többi kísérleti alany elõtte, egyre jobban összenõ régi énjével és megkapja az "eagle vision" képességet, ezzel az elõzõ foglyok írásait látod a falakon (a folytatásban további tulajdonságokat kaphat vissza?).
A Templomosok elmennek a gömbért és fel akarják lõni egy mûholdra, hogy az egész világot irányítsák. Kiderül az is, hogy ehhez azért több gömb kell, de nem baj mert van az is, de máshol, más ember emlékeiben (ez lessz az Assassins Creed 2, valahol Japánban fog játszódni, valahol itt volt annak az õsi civilizációnak a helye, akik ezeket a gömböket hátrahagyták).
Informatika és tudomány
