A kreacionisták azt állítják, hogy még ha a második fõtétel nem tiltja is meg a dolgot, még egyetlen mûködõ biológiai molekula (enzim) képzõdésének is reménytelenül kicsi a valószínûsége. Egy tipikus enzim 100 aminosavból áll, és 20 különbözõ aminosav áll rendelkezésre. Tehát 20100 (20 a 100. hatványon) darab különbözõ kombináció létezik, így annak valószínûsége, hogy egy meghatározott szekvencia egy lépésben a véletlen folytán létrejöjjön, 1/10131 (az utóbbi számban az egyes után 131 nulla áll). Ez nagyon hatásos, de gondoljunk arra is, hogy egy számítás csak annyira jó, mint a kiindulópontjául szolgáló feltevések. A legjobb aerodinamikai elméletek sok-sok éven keresztül azt bizonyították, hogy a dongó nem tudhat repülni! Úgy tûnik, a dongó valami olyan trükköt használt, amirõl a korabeli aerodinamikusok nem tudtak (lásd T. Weis-Fogh, Scientific American 233(5):80-87, 1976).
Ahogyan a dongó is repül, függetlenül az aerodinamikai elméletektõl, úgy új, mûködõ enzimek is állandóan képzõdnek. A mikroorganizmusok olyan új enzimekre tettek szert, amelyekkel le tudják bontani a természetben elõ nem forduló, mérgezõ ipari hulladékokat (pl. a klórozott és fluorozott szénhidrogéneket) (lásd Ghosal et al., Science 228:135-142, 1985). Susumi Ohno is talált egy ilyen új enzimet: a nylon lineáris oligomer hidrolázt, s megállapította, hogy az enzim egy ún. frame-shift (a leolvasási keret eltolódását okozó) mutáció eredménye (lásd Proc. Natl. Acad. Sci. 81:2421-2425). A frame-shift mutációk egy fehérje egész szerkezetét szétzilálják, az enzim tehát tulajdonképpen véletlenszerû konstrukció! Nem is meglepõ, hogy ez az új enzim tökéletlen, és a tipikus enzimekhez képest csak kb. 1%-os hatékonysággal mûködik - de a lényeg, hogy mûködik!
Gish azt a hibát követi el, hogy megszabja: az egész szekvenciának egyszerre, egy lépésben kell létrejönnie, és a végterméknek tökéletesnek kell lennie. Nem veszi figyelembe azt a lehetõséget, hogy a használható, de még tökéletlen enzimeket a természetes kiválasztás javítsa fokozatosan. A közbülsõ lépések feltétlenül adhatnak mûködõképes enzimeket, hiszen ugyanazt az enzimmûködést sok különbözõ aminosavsorrend megvalósíthatja. Ismerünk két, csaknem teljesen különbözõ aminsavszekvenciát, amelyek csak az aktív helyen lévõ diszulfidhídban egyeznek (2 aminosav), és mindkettõ ugyanazt az enzimet, a tioredoxin-S2-t eredményezi (lásd Homgren, Ann. Rev. Biochem. 54:237-271, 1985).