A mélygarázsokkal az a legnagyobb gond, hogy mit csináljanak a talajvízzel. Ez Budapest központi részein a Duna közelsége miatt és az agyagos-kavicsos talaj miatt teljes (100%-os) vízszigetelést követel meg, ami viszont a felhajtóerõ miatt gond (ciki lenne ha az egész mélygarázs szépen lassan kiemelkedne a földbõl:-)
Ez lekorlátozza az alkalmazható mélységet és drágítja a megépítést.
További probléma, pont a belvárosi, sûrûn lakott részeken, vagyis pont ott ahol a mélygarázsra szükség lenne, az, hogy a terület majdnem teljesen be van építve mûemlék épületekkel (valljuk be: tényleg stílusos épületek, amiket kár lenne szétrombolni)
Emiatt az építkezést "aláépítés" jelleggel kellene kivitelezni, ami borzasztóan drága.
Az a jelentéktelen terület, ami Budapest (Pest) belvárosában nem épület hanem park alatt van NEM OLDJA meg a problémát, mert kevés. Meg aztán megint jönnének az ön-fáhozláncoló emberek, akik 100%-os sajtótámogatással szidnák az autósokat és a kisemberek mozgásszabadságát hónapokon keresztül.
Mindenképpen szükség van felszíni parkolásra is, annál inkább, mivel aki beugrik egy kis boltba valamelyik utcában, hogy 5-10 perc alatt vegyen valamit, az nem vállalja a mélygarázs-használattal járó idõhúzást.
Egy ilyen mélygarázs kifejezetten az egész napos (vagy legalábbis több órás) parkolásra alkalmas igazán. Ekkor viszont meg kell oldani a munkakaezdés és munkabefejezés körüli csúcsterhelés kezelését. (Erre van jó, az okokat kezelõ megoldás: a munkakezdés-befejezés idõbeli elhúzása, amit régebben lépcsõzetes munkakezdésnek hívtak)