Hanks 1988 óta Rita Wilson színésznõ férje. Az Önkéntesek címû film forgatása közben találkoztak. Két közös gyermekük van. Wilson vitte Hankst a görög ortodox egyházba.
Tom Hanks elõzõleg Samantha Lewes színésznõ férje volt 1978 és 1985 között. (Samatha Lews csontrákban hunyt el 2002-ben. Ebbõl a házasságból is két gyermek született, az egyikük Colin Hanks színész.