SPOILER! Kattints ide a szöveg elolvasásához! én se tudtam nagy vonalakban kivenni a teljes storyt:
Alex Marcer a GENTEKben dolgozott, fölkérték, hogy vigye a vírus mintáját amirõl õ maga semmit sem tudott, de '69-ben Hope, Idaho-ban kísérleteztek, és minteg 1068 embert beoltottak a vírussal. A vírus elszabadult de ott sikerült megállítani. ám egy valaki túlélte az egészet Elizabeth Green 19 éves csaj, aki a vírus hatására nem öregedettsemmit, de egy kicsit... hát, gonosz lett.
Alex (nah itt nem volt teljesen tiszta hogy mi nem tetszett neki, amikor semmit sem tudott róla) de elege lett és a földhöz vágta a mintát. Ezért fogták és szitává lõtték. Ám a vírus gazdatestet talált magának benne, és tulajdonképpen Alex Marcer megszûnt létezni, akivel te játszol az maga a vírus!!
A játék közben amikor még tök hülye vagy ki engeded Elizabethet, aki folytatja fertõzgetéseit. És késõbb meg is kûzdesz vele mint a bazi nagy kukaccal!
Ám Elizabeth Green a fertõzés pillanatában terhes volt, így mikor megszületett a gyerek Elizabeth fedõneve: Mother (anya) és a gyereké pedig: Pariah (ha jól emlékszem, amúgy ha jól emlékszem akkor ennek a jelentése, a társadalomból kitaszított ember, ami még egész találó is). A gyereken látszólag semmi elváltozás nem történt (amúgy itt nekem megint ködös a történet, véleményem szerint Pariah nem más mint Captain Cross, aki a végén átváltozik és akivel a végén megkûzdünk)
A tábornok meg csak egyszerûen fel akarta robbantani a bombával egész manhattent le tudva ezzel az egész fertõzéses dolgot