Általában áldásnak minõsül a szuperképesség, hisz oly sok minden jóra használhatjuk fel azokat az emberiség megmentése az érdekében. De ugyan ki akarna mentõakciózni abban az esetben, ha emlékeinktõl megfosztva ébredünk egy lángokban álló város közepén, miközben a teljes amerikai hadsereg a nyomunkban van, és csak annyit tudunk, hogy nem okoz gondot terep teljes deformálása?
A Radical Entertainment srácai az Incredible Hulk után újabb pusztítást visznek véghez, mely nem más, mint a már saját ötleteken alapuló Prototype. A játékban Alex Mercer bõrébe bújunk, aki New York City közepén ébred fel egy alapos fejfájás kíséretében, melynek köszönhetõen nem igazán tudja kicsoda is õ valójában. Azonban hamar rá kell eszmélnie, hogy messze nem egy részeg éjszaka utáni másnaposságnak köszönhetõen inthetett búcsút az emlékeinek. Alex ugyanis olyan képességekkel rendelkezik, melyek csupán néhány ûrlényekkel teli sci-fi filmben voltak eddig láthatóak. De hogy ne érezze magát oly magányosnak képességeivel, a várost éppen ellepték a rondábbnál rondább fertõzött mutáns lények. Ráadásul jó amerikai módra meg is érkezik a felmentõ sereg, hogy blokád alá véve a várost szépen kiirtsa a furcsa lényeket.
Mivel hõsünk is rajta szerepel a katonaság irtólistáján, nem sok választási lehetõséget hagynak nekünk, mikor megkapjuk az irányítást Alex fölött, kénytelenek leszünk elfeledni a kedves kis szuperhõs énünket, aki megvédi az emberiséget a bajban. Mert itt bizony kõkeményen pusztítgatnunk kell majd, bárki is álljon az utunkba. Ehhez lesz is néhány kellemes képesség a tarsolyunkban. Alap tulajdonságunk, hogy többszörös fizikummal bírunk egy átlag embernél. Alex-nek nem kell autót lízingelnie a gyors közlekedés érdekében, hisz legalább olyan gyorsan fut, mint egy modern sportgépjármû, melynek köszönhetõen akár egy emeletes ház oldalán is felfuthatunk. Emellett akrobatikából is jelesen vizsgáznánk, hisz könnyedén szaltózgathatunk a levegõben, ugrálhatunk házról házra, sõt, a nagy magasságokból való leérkezéshez sem kell lift, ugyanis csupán a beton bánja, ha leugrunk egy felhõkarcoló tetejérõl. Persze mindezt egy átlagos Superman is tudja.
Alex továbbá képes alakját változtatni. Karjából pengét faragva kaszabolhatja le támadóit, vagy pajzsot növesztve megfékezheti a legdurvább lövedékeket is. További gizda mutatvány, mikor Alex a földbe szúrva kezét néhány méterrel odébb gigantikus sündisznóhátat farag a járdából, mindent elpusztítva, ami éppen ott található. Azonban Alex nem csak ily módon tudja formálni a testét, hanem képes elfogyasztani az emberi hullákat és így fel tudja venni azok alakját, sõt, teljes emlékezetüket. Ily módon tudjuk megtanulni a helikopter vagy az autó vezetésének minden csínját-bínját. A játék során a város egy hatalmas háborús övezetté alakul, melynek területeit vagy az amerikai hadsereg tartja uralma alatt, vagy a fertõzött mutáns hordák, de szerencsésebb esetben még senki sem. Ebben a hármas háborúban kell helytállnunk majd, és szépen lassan összeszedni a kirakós darabkákat, hogy végül megtudjuk kik is vagyunk valójában. Miféle katonai kísérletnek vagyunk a prototípusai, és miért lepték el New York-ot a rondaságok. Rengeteg lehetõség rejlik a játék történetében és a felvázolt játékmenetben, így nagy reményekkel várjuk a 2008-as évet, amikor is érkezni fog a Sierra szármyai alatt a Prototype.