A klubot a 19. század utolsó évében, aza 1899. február 4-én egy 16fõs középiskolai csoportból alapították. A csapat úgy jött létre, hogy eza 16 fõs csoport sportfelszereléseket nyert. Elõször FV Werder néven indult. A klub neve, a Werder a Bémán áthaladó Weser-folyórol kapta a nevét.
A klub nem indult semmiféle csak szimpla kupákon indultak, amit rendre megis nyertek.Õk voltak azok akik Németországban elõször stadiont építettek maguknak.
A csapat magabiztosan lépdelt felfelé a tabellán, 2000-ben még csak 9, 2001-ben 7, 2002-ben és 2003-ban 6 majd 2004-ben pedig megnyerik a Bundesligát. A csapat ezzel az eredményel selejtezõ nélkül bekerült a BL csoportba, azaz a legjobb 32 közé. A legjobb 16 közé is sikerült beverekedni magukat , de itt viszont nagyon simán 2-10-es gólkülönbségel kiejtette õket az Olympique Lyonnais gárdája. Ezután a következõ évben 3-adikok lettek a bajnokságba igy selejtezöt kellett játszaniuk a BL csoportkörbe jutásért ahova bejutottak és tovább is léptek a legjobb 16 közé de itt a Juventus kiejtette õket.2006-2007-es szezonba 3-adik helyen végeztek és nyeretlen évet zártak.Jelenleg pdig a bajnokságban a 2helyen állnak pontegyenlöségel az elsõ Bayernel.A BL csoportból pedig kiestek.