A nativ kod futtatasa azt jelenti, hogy a bongeszo automatikusan letolt es futtat egy nativ x86-os vagy mas platformra irt programot. A microsoft ezt hivja activex-nek es szinte az osszes bongeszos virus es fereg ezt hasznalja, ezert probalnak megszabadulni tole. Arrol nem beszelve, hogy egy bizonyos nativ kod csak egy adott geptipuson futthathato, tehat akinek mondjuk nem x86-os processzora van (es mondjuk nem a legujabb microsoft windows vagy egy google linux van rajta) az nem fogja tudni futtatni az adott kodot. Esetleg a fejleszoknek kulon meg kell irniuk minden weboldalba rakott tartalmat windows-ra, x86-os linux-ra, arm-os linux-ra, mips-es linux-ra, x86-os androidra, arm-os androidra, x86-os mac-re, stb... jo poen, de hatarozottan rossz otlet.
A bongeszos 3d hasznalhato otlet, de csak addig amig a document object model resze es javascript-bol erheto el es nem igenyli azt, hogy a bongeszonek meg kelljen engedni, hogy azt futtasson a gepen amit az eppen nezett weboldal keszitoje akar. Ez biztonsagi szempontbol egy minden vedelmetol megfosztott internet explorer 6-ossal egyezik meg, az emlitett bongeszonel megszokott kompatibilitasi gondokkal egyutt.