Valószínûleg semmilyen elõnnyel nem járt, csak egy alternatív formaként megjelenhetett, és egy kis százalékban elterjedhetett a populációban. A legtöbb változás egyébként semleges, de mint ilyen egy kis százalékban képes felhalmozódni az adott populációban, gyakran fenotípusosan szinte meg sem jelennek ezek a változások. Ha egy környezeti tényezõ azonban megváltozik, és elõnyössé teszi ezt a megváltozott variánst, akkor viszont elég hirtelen (a szelekciós nyomás nagyságának függvényében) felszökik a számuk. Ha egy olyan újabb mutáció jelenik meg, aminek feltétele egy addig semleges változás megléte, akkor azoknak az egyedeknek a száma fog felszökni, amelyek mind a két módosulást hordozzák. Pl. van egy A semleges mutáció, ami 0,5%-ban terjed el a populációban, és ezen az értéken stabil x ideig, majd megjelenik egy olyan B mutáció, ami, ha együtt jár A-val, akkor komoly elõnyt jelent az adott egyed számára, ilyenkor az A+B egyedek száma hirtelen fel fog szökni. A leleteken persze csak az A+B felfutást fogjuk észlelni, mivel addig az A típus csak igen kis mértékben képviselte magát a populációban, fenotípusosan pedig valószínûleg még kisebb arányban, ezért jó eséllyel nem, vagy alig lesz sima A variáns leletünk. A B variáns akár lehet elõnytelen tulajdonság is önmagában - például a nagy agyat fejlesztõ magzatok életképtelenül születnek, vagy elvetélnek a nem A egyedekben. Ilyenkor ez már nem számít, mert az A+B egyedek fognak elterjedni, ezért képes a B génváltozat is terjedni, és a B gén százalékos aránya az A-val együtt felfut.
A 19. században sok biológus gondolta úgy, hogy a semleges változások is eltûnnek, nem csak az elõnytelenek, maga Darwin is. Ez mai napig eléggé így él a köztudatban. Tipikusan sok ezért például a 19. századi magyarázatokban a szexuális szelekcióra való hivatkozás - mivel a madaraknál gyakori ez a jelenség, ezért nyilván kézenfekvõ megoldásnak tûnt, például a kis fogú nõk jobban tetszettek a hímeknek, ez egy tipikusan 19. századi magyarázat lenne. Ma már tudjuk (vagy inkább tudatosítottuk), hogy még a kedvezõtlen, avgy halálos tulajdonságokat kódoló gének sem hullanak ki egy populáció/faj összgenomjából, a semlegesek pedig pláne nem. Ha nem lenne ilyen alternatív változatoknak a tömkelege eleve "betárazva" az adott faj génkészletébe, akkor az alkalmazkodás túl lassú lenne, és gyakorlatilag minden komplexebb faj kihalna, mert alkalmazkodási képesség túlságosan lassú lenne a környezeti paraméterek változásához képest. Gyakorlatilag arra kéne "várni", hogy mutációval létrejöjjön végre egy olyan variáns, ami éppen megfelel a megújult környezetnek, ehelyett az összgenomben már eleve ott lapulnak azok a variánsok, melyek az új környezetet jobban viselõ egyedet kódol, a megszokott környezeti viszonyok között pedig ugyanolyan fitt, vagy alig deficites egyedet. Így, ha megtörténik a változás, mondjuk pár fokot emelkedik az átlaghõmérséklet, akár az adott faj szinte "varázsütésre" alkalmazkodik, ez azért lehetséges, mert már potenciálisan ott vannak ezek az, meleget inkább kedvelõ egyedek, ha nincs ilyen változat, az nagy valószínûséggel vezethet kipusztuláshoz.