A diffrakciós képet nem szokták korrigálni a torzulások miatt, tudomásom szerint ...; legtöbb célra így is megfelelnek a modellek.
Ha a lipázt nézted (1LBT), itt eleve 2 fehérje van a fájlba, valamiért így jött össze. Ez nem egy dimer fehérje, hiszen látszik, hogy két különálló polipeptid.
Itt benne van az aktív centrumba a saját szubsztrátja, amivel izolálták (T80), a fehérje adatlapján alul ezt írja is (+ az NAG molekulák amelyek a folyamat során kellhettek a fehérje mellé).
Szóval ha megkeresed az egyik polipeptidben a T80-at, akkor ezzel az aktív centrumot is megtalálod. A T80-nak van egy észter csoportja, ezt hidrolizálja el a lipáz. Ha az észter csoportot megtalálod, a közelben lesz a fehérje egyik szerin oldallánca is, amivel a nukleofil támadást végzi a szubsztrát karbonil szenére, ahogy az a szerin-hidrolázokhoz illik (:
A közelben egy hisztidin oldallánc is befigyel :D Az nukleofilizálja a szerint, oly módon, hogy a terminális -OH csoportjáról leveszi a protont, és az így létrejövõ deprotonált hidroxilcsoport erõs nukleofil tulajdonságokkal rendelkezik.
Amikor a deprotonált szerint oxigénje betámad a szubsztrát karbonil szenére, az sp2 hibridállapotból átmegy sp3-ba, ez a tetrahedrális intermedier (THI), úgy hogy a karbonil kettõskötés pi elektronjai a karbonil oxigénre mennek, ezért az intermedier negatívan töltött.
Az érdekesség kedvéért még hozzáteszem, hogy a fehérje úgy van kialakítva, hogy ezt a negatív oxigént poláris oldalláncok stabilizálják, ezt hívják oxianion lyuknak (oxyanion hole).
A T80 nem királis (amúgy a belõle létrejövõ THI igen).
Mi Hyperchemmel kitöröltük a T80-at és helyette bemodelleztük a saját királis szubsztrátunkat, amelynek volt R és S változata, valamint a létrejövõ THI megint lehetett R vagy S, aszerint, hogy a Ser merrõl támadta. Így összesen 4 modell volt, amellyel számolni kellett.
Ezt én az otthoni gépen csináltam (a számolást is), viszont csak molekulamechanikát, kvantum számításokat nem. Kb 1 nap 1 számítás, de én választom ki, hogy meddig próbálgassa (random pozícióknak számolja az energiáit).
Ezek nem olyan komoly számítások, mert kicsi a rendszer (szubsztrát+annak kb. 10 angströmös környezete), de pl. nemrég olvastam egy cikket, hogy a víz fagyását elindító nukleációt modellezték szuperszámítógépeken és úgy is hónapokig eltartott nagyon rövid idõ modellezése.
Ha netán elakadnál írj nyugodtan, leírom pontosan az aminosav számokat, hogy miket kell nézni, képeket is csinálhatok arról amiket én csináltam...