Érdemes lenne elgondolkodni azon is hogy a fa struktúra megfelelõ-e.
Elõször is honnan adódik a fa struktúra? Onnan hogy az egyedek szaporodnak és minimális változtatással továbbadják a tulajdonságukat az utódjaiknak. Ez egyértelmûen egy fa szerkezetet biztosít. Az egészet összetett élõlényekre dolgozták ki, és ott mûködik is, hiszen ott ez a genetikai információ áramlásának az egyetlen módja.
Egysejtûeknél viszont van egy másik mód is. Két egysejtû képes egymás között genetikai anyagot cserélni. Így viszont nincs alapja a szigorú fa szerkezetnek, ez egy gráf szerkezetet fog eredményezni. (Ellentmondás nincs hiszen a fa egy speciális gráf!)
A lényeg az hogy lehet hogy azért tûnik ezeknek az élõlényeknek az osztályozása bonyolultnak, mert az osztályozás módja (a fa szerkezet mint modell), itt csak nagy hibával használható.