A standard modell nem tartalmazza a részecskék világában kis jelentõségû gravitációt és nem egyesíti az erõs kölcsönhatatást sem az elektrogyenge kölcsönhatással, amilyen módon a elektrogyenge elmélet egyesíti az elektromágneses kölcsönhatást és a gyenge kölcsönhatást. A standard modell nem képes számot adni az elméletben szereplõ 19 (!) szabad paraméter értékérõl (részecsketömegek, keverési szögek, csatolási erõsségek). A standards modell komplikációi számos problémába csoportosíthatók:
1. mértékprobléma: A standard modell három mértékcsoport direkt szorzata, amelyek közül csak az elektrogyenge rész paritássértõ. A modell tartalmazza, de nem magyarázza az elektromos töltés kvantáltságát (ez nagyon fontos az atomok semlegessége szempontjából). Megoldást jelenthetnek többek között a nagy egyesített elméletek (GUT), vagy mágneses monopólusok létezése.
2. fermionprobléma: A közönséges földi anyagok az elsõ családból megkonstruálhatók. Nem tudjuk, miért van három család, amelyek közül a másik kettõ az elsõnek nehéz másolata. Nem ad magyarázatot a fermionok tömegére, amelyek ráadásul öt nagyságrendi különbségen belül szórnak. Megoldást jelenthetnek összetett fermionok, családszimmetriák, extra téridõ dimenziók, például szuperhúrok.
3. Higgs/hierarchia-probléma: A standard modell egy Higgs-bozont tartalmaz – ami eddig még nem sikerült kimutatni – a W-,Z- és fermiontömegek generálása céljából. A Higgs-bozon tömege nem lehet túl nagy (elméleti megfontolások és a kísérleti eredmények alapján <1 TeV), mert különben túl erõs lenne az önkölcsönhatása. A magasabb rendbeli számolások viszont divergens járulékot adnak a tömegéhez, és a végtelen értéket csak úgy lehet elkerülni, ha történik valami magasabb energiákon, azaz valami új elmélet kezd érvényessé válni. Ilyenek lehetnek a nagy egyesített elméletek, de ez 1014 GeV nagyságú Higgs-tömeghez vezetne, vagy a gravitáció belépése, ami viszont a Planck-tömeg (1019 GeV) nagyságúhoz, azaz 1 TeV-nél jóval nagyobbakhoz. Megoldást összetett W- és Z-bozonok (de ezzel eldobnánk a rendkívül sikeres SU(2)×U(1) elektrogyenge elméletet), Higgs-bozon helyett fermion kötött állapotok, a technicolor vagy összetett Higgs-részecskék jelenthetnének. A talán legnépszerûbb megoldást a szuperszimmetria létezése jelentené.
4. erõs CP-probléma: A standard modellbe bevezethetõ egy P-, T- és CP-sértõ tag, ami a neutronnak elektromos dipólmomentumot adna. Ennek létezõ kísérleti limitjei viszont a bevezetendõ tag együtthatója 10−10 nagyságrendû lenne. Ez a kis szám nem érthetõ, ahogy általában a sok nagyságrenddel eltérõ paraméterek nem elfogadhatóak. A megoldást a CP-sértés jelenlegi explicit mechanizmusa helyett például egy spontán sértett extra U(1) szimmetria bevezetése jelenthetné, ami viszont egy új részecske, az axion megjelenésével járna.
5. gravitonprobléma: a gravitáció kívül esik a standard modellen és az általános relativitáselméletet – ami nem kvantumelmélet – nem is lehet a többi kölcsönhatás elmélete módjára kvantumtérelméletté tenni. Egy másik probléma a kozmológiai állandóé. Ez a vákuum energiájának tekinthetõ, aminek értéke a spontán szimmetriasértés során a megfigyelhetõ értéknél 50 nagyságrenddel nagyobb korrekció során alakul ki, ami nyilvánvalóan elfogadhatatlan. A megoldást itt Kaluza-Klein-modellek, szupergravitáció, sokdimenziós szupermembrán-elméletek felé keresik.
6. neutrínóprobléma vagy napneutrínó-probléma: az érvényes napmodellekhez képest a Földre a Napból a vártnál jóval kevesebb neutrínó érkezik, mintha a Nap energiatermelése az észleltnél jóval kisebb lenne, vagy valami történne a neutrínókkal útközben. A jelenlegi földi kísérletek az elektron-neutrínókat tudják érzékelni, azaz például ha ezek müon-neutrínókká tudnak átalakulni ún. neutrínóoszcilláció során, akkor magyarázni tudjuk a hiányt. Ehhez a standard modellel ellentétben a neutrínóknak tömeggel kell rendelkezniük. 1998-ban erre a Super-Kamiokande kísérlet bizonyítékot talált, s emiatt újabb 10 paramétert kell bevezetni a standard modellbe.
7. csatolási állandók problémája: a három kölcsönhatás csatolási állandói különbözõek, ami gátja az egyesítésnek, mert ahhoz egy univerzális csatolási állandóval kell rendelkezniük. Szerencsére a három csatolási állandó energiafüggõ és 1015 GeV környékén értékük közel ugyanaz, ami azt jelzi, hogy ez a nagy egyesített elméletek skálája. Sajnos azonban nem egy, hanem három különbözõ pontban metszi egymást a három csatolási állandó, márpedig az egyesítéshez egy közös metszésponttal kellene rendelkezniük. A szuperszimmetrikus elméletek ezt a problémát megoldják.
8. sötét anyag problémája Az Univerzum anyagának többségét nem látjuk, csak a gravitációját érezzük. Mi lehet ez az anyag? Tömeges neutrínók? A legkönnyebb szuperszimmetrikus részecskék, amiket megmaradási törvény véd a bomlástól (R-paritás)? Valami egyéb?"
Hát, ezek szerint a Standard Modell ezer sebbõl vérzik, mégis ezt nyomják ezerrel. Lehet, az alternatív elméletekkel kellene többet foglalkozni? No, mindegy, a reletivitáselméletet, meg a kvantummechanikát se fogadták túl jól, majd ez is megváltozik.