" minden natívan a hardveren fut, az Android pedig kvázi egy virtuális gépen futtatott OS (ha jól értelmezem a dolgokat)"
Nem jól értelmezed. Android-on talán a 2.x-nél volt utoljára klasszikus VM, de már akkor is volt native fejlesztési lehetőség (NDK).
A különbséget elsősorban a korlátosság adja. IOS-en nem lehet csak úgy service-t futtatni (és sok egyéb dologban is le van korlátozva az alkalmazás), ezért nincs annyi szemét a memóriában. Mivel az információ drága manapság, ezért minden kis vacak alkalmazás figyelni akar mindent amit lehet. Ezért pl. FB appok android-on sokkal több erőforrást esznek mint ios-en ... mert megtehetik.