Ha úgy határozunk, hogy nem szerezzük meg a dekódert a pripyat-i hotelszobából, és folytatni kívánjuk a „Strelok megkeresése” küldetést, az ötféle fals végzõdés közül fogunk egyet kapni. Végigküzdve magunkat Pripyat-on, a reaktoron kívüli területeken és végül magán a Szarkofágon, a játék hamarabb ér véget, mint a pozitív befejezések esetén. (Ott még van hátra pluszba egy hosszabb küzdelem.) A Szarkofág belsejében, a Monolith bázisán túljutva egy mély aknán felküzdve magunkat a Kívánságteljesítõ elõtt állapodunk meg, ahol eldönthetjük, hogy élünk-e azzal a lehetõséggel, hogy beteljesedjék az általunk leginkább óhajtott dolog. Hogy az ötféle befejezõ animáció közül melyiket kapjuk, az számos játékbeli kulcstényezõtõl függ.
Ezek a következõk:
1. Ha a játék folyamán mind a Duty, mind a Freedom frakció vezéreit megöltük, akkor a Kívánságteljesítõnél az „Én akarom uralni a világot!” animációt kapjuk. Ekkor a Kívánságteljesítõ beszippantja a fõhõs lelkét, így téve eleget a kívánságnak.
2. Ha a játék végére több, mint 50000 rubel pénzünk van, akkor a „Gazdag akarok lenni!” befejezést kapjuk. Ekkor egy csavaranya hullik alá a mennyezetrõl, de ezt mi egy arany pénzdarabnak látjuk. Hamarosan sok ezer ilyen kis darabka kezd potyogni a tetõszerkezetrõl, majd az egész tetõ ránk szakad. A végén csak a kezünk látszódik ki a törmelékbõl, ahogyan az aranypénznek vélt csavaranyát tartjuk elernyedt kezünkben.
3. Ha a játék végére alacsony hírnévvel rendelkezünk (a reputáció -1000 pont alatt van), akkor „Az emberiség korrupt, le kell igázni!” befejezést kapjuk. Látomások, emlékek villannak fel azokról a szörnyûségekrõl, amiket az emberiség elkövetett, úgy mint nukleáris robbantások, titkos kísérletek és háborúk. A látomások után a végtelen semmiben eszmélünk föl, csak a sötét ûr vesz körül bennünket.
4. Ha a játék végére a hírnevünk kiemelkedõen jó (a reputáció eléri az 1000 pontot), akkor a Kívánságteljesítõnél az „Azt akarom, hogy a Zóna tûnjön el!” befejezést fogjuk kapni. A következõ képsorokon a Zónát megtisztulva látjuk, nincsenek mutánsok, nincsen sugárzás. A levegõ üde, friss. De amint meglátjuk a fõszereplõt, a szemein láthatjuk, hogy megvakult, így a Kívánságteljesítõ képletesen valóban eltüntette a Zónát - a mi szemeink számára.
5. Ha a fenti kritériumok egyikének sem tettünk eleget, akkor a „Halhatatlan akarok lenni!” befejezést kapjuk, ahol a Kívánságteljesítõ egy fémszoborrá változtat bennünket, így adva át minket az örökkévalóságnak.
Jó/igazi befejezések
Ha úgy döntünk, hogy az „Öld meg Strelok-ot!” küldetés mentén folytatjuk a fõsztori szálat, azáltal hogy találkozunk a Guide-dal, aki elmondja, hogy a Doktorral Strelok búvóhelyén találkozhatunk, mert információi vannak számunkra. A búvóhely bejáratánál elájulunk, és a Doktor próbál meg minket magunkhoz téríteni, miközben Streloknak szólít bennünket. Elmondja, hogy van egy elrejtett dekóder Pripyat városában, amivel be tudunk jutni abba a titkos helyiségbe, ami a Monolith titkát õrzi valószínûleg. A dekóder egy titkos szobát nyit ki a csernobili Szarkofágon belül, ami a Monolith irányítótermébe vezet. Elpusztítva a szobában lévõ kék gömböket, amik áramforrásként szolgálnak, megjelenik egy tudós holoképe, aki nem más, mint az úgynevezett C-Consciousness projekt vezetõje.
A tudós felé intézett számos kérdés feltevése után miénk a döntési lehetõség, hogy csatlakozunk-e a projekthez, vagy sem.
6. Ha elfogadjuk a C-Consciousness projekthez való csatlakozást, akkor egy olyan befejezõ animációt láthatunk, ahol minket is beletesznek egy hatalmas zöld tartályba, és ránk kapcsolnak egy gépet, ami segít egyesíteni az önkéntesek tudatát. Majd vált a kép, és a Doktort látjuk, amint a messzi távolba révedõ tekintettel figyeli a Zónát. Ott van mellette a kutyája is, akinek halkan odamotyogja: „Régóta nem láttam Strelok-ot, remélem jól van! Habár kitartó, akár egy macska! Úgy hiszem rendben van." Majd a Doktor odaszól a kutyának, hogy inkább menjenek enni valamit, hisz a kutyát mindig is jobban érdekelte egy finom vacsora, mint egy régi barát sorsa…”
7. Ha nem vagyunk hajlandóak elfogadni a C-Consciousness projekthez való csatlakozást, akkor egy nagy kiterjedésû extra pályarészre teleportálódunk, ami a Szarkofág közvetlen környezetében lévõ külsõ területeket jelenti. Itt még számos ellenféllel találjuk szembe magunkat, akikkel meg kell küzdenünk, és az elõrehaladásunkat különbözõ helyeken lévõ portálok biztosítják. A végsõ portálkapun átlépve megkapjuk azt a befejezõ animációt, amely a legjobb befejezésként vált közismertté: Strelok besétál abba a terembe, ahol hatalmas tartályokban fekszik a hét önkéntes, akiknek össze van kapcsolva a tudata egy gép segítségével. Strelok némi tétovázás után gépfegyverrel mindent szétlõ, megsemmisítve a C-Consciousness projekt által okozott borzalmak forrását… A következõ képsorokon az égbolt kivilágosodik, Strelok pedig egyszeriben rácsodálkozik az õt körülvevõ természet szépségére. Leheveredik a fûbe, és szinte elsírja magát, ahogy megkönnyebbül a terhektõl való megszabadulástól. A gondolataiból kiderül, hogy fogalma sincs, vajon helyesen cselekedett-e vagy sem, és valószínûleg soha nem is fogja megtudni, de megcsinálta amit meg kellett tennie, és úgy érzi, ezért hálás lehet.Kifáradva a sok megpróbáltatástól, mégis megkönnyebbülten alszik el a magas, üde zöld fûben, miközben egy szitakötõre fókuszál a kamera és lassan távolodik a kép.