Egy új modell alapján a Plútó Charon nevû holdja eredetileg a mainál sokkal elnyúltabb pályán keringhetett.
A Plútó két új holdjának felfedezése után nem sokkal felmerült, hogy mivel mindhárom égitest azonos pályasíkban és irányban kering, ugyanannak a becsapódásnak az eredményeként születhettek. Bár az eredeti modell számolt azzal a lehetõséggel, hogy a holdak a Plútóval fennálló árapályhatás miatt távolodtak az égitesttõl, a ma megfigyelt távoli helyzetüket nem tudja kielégítõen magyarázni. Ezzel összefüggésben szintén nehezen magyarázható a két távoli pálya közel kör alakjának kialakulása.
A Plútó körül keringõ ma ismert három hold: a Charon, a Nix és a Hydra keringési rezonanciában állnak egymással. Amíg a Charon négyszer kerüli meg a Plútót, a Nix majdnem egyszer teszi azt. Külsõ társa, a Hydra szintén egy síkban mozog velük, ez pedig hatszor hosszabb idõ alatt kerüli meg a Plútót, mint a Charon. A két külsõ hold egymással 3:2 arányú keringési rezonanciában áll.
William R. Ward és Robin M. Canup (SwRI) dinamikai modellje magyarázatot ad a pályák konfigurációjára. Eszerint a feltételezett becsapódás után a Plútó körüli térségbe kiszórt törmelékbõl kialakult a Charon, amely akkor még elnyúlt pályán keringett. A törmelék maradéka pedig egy ettõl távolabbi gyûrû alakzatban maradt meg. A továbbiakban a rendszer tagjai között fellépõ kölcsönös árapályhatás átalakította az égitestek konfigurációját.
Amint a Charon lassan távolodott a Plútótól (hasonlóan ahhoz, ahogy az árapályhatástól a Hold is távolodik a Földtõl), a gyûrûben idõközben összeállt kisebb holdakat rezonanciapályára fogta be. A kölcsönhatások keretében idõvel a Charon pályájának elnyúltsága csökkent, akárcsak a két külsõ, apró társával fennálló rezonanciahelyzet, így alakult ki végül a mai konfiguráció.
2004. június 14-én a Hubble-ûrteleszkóppal készült felvétel az 555 nanométeres (balra) és a 475 nanométeres hullámhosszon (jobbra). A piros ellipszisek a holdak pályáit, a nyilak a Nix és a Hydra helyzetét jelzik, a centrumban a Plútó van (NASA, JPL, STScI)
A két nemrég felfedzett holdnak utólag korábbi felvételeken is nyomára bukkantak. A Hubble-ûrteleszkóp 2002. június 4-i felvételének részletes elemzésével sikerült a Nix és a Hydra képét utólag azonosítani. A két hold azonban nem volt olyan fényes, hogy észrevegyék õket a kép átvizsgálásakor.