A plot, avagy a történet az összes X részben elég gyengén volt megcsinálva.Maga a történet nem rossz, annak idején megjelent egy könyv is, kb 4-500 oldalas a sztorija.
Itt a Rebirth-ben kicsit erőltetett is a sztori. Ugye az X3 Terran Conflict és az Albion Prelude már arról szólt, hogy a fajok nagyvállalatai vették át az irányítást. A Rebirth-ben a korábbi világ megszűnt, mert a térugró kapuk meghibásodtak/eltűntek, és az egész galaxis átformálódott. Persze ebben a világban is fennmaradtak a korábbi erős nagyvállalatok, amik egymást is irtották, így a PMC túlélte, sőt a legnagyobbá vált.
Aztán ugye megint csak kísérletezek a Xenonokkal, csak nem jött be, erről szól ez a rész.
Mellesleg a Xenonokat mi magunk, Földiek vittük az X világba, erről szól az első rész és annak kiegészítője az X-Tension.
Ugyanis a Xenonok eredetileg Terraformálók voltak, akiket a Földről küldtek előre az univerzumba, hogy találjanak, majd tegyenek lakhatóvá bolygókat az embereknek.Csak jött a Terminátorból ismert "AI öntudatra ébredés" a Xenonok "fellázadtak", agresszívvé váltak és mindenkit kiirtottak vagy ki akartak irtani.
Az X2 The Threat-ben bemutatkoztak a Khaak-ok, amik aztán az X3:Reunion-ban is ott voltak, majd megjelentek az X-Rebirth: Home of Light-ban is, habár itt csak mutatóban.